Le parc national marin de Sainte Anne a été déclaré en 1973 première zone marine protégée de l'océan Indien, englobant six îles granitiques dans un rayon de quatre kilomètres de la côte est de Mahé.
Le parc comprend 14,43 kilomètres carrés de plateformes récifales peu profondes, d'herbiers marins et de chenaux de mangrove où la température de l'eau se maintient entre 27 et 29 degrés Celsius toute l'année. La visibilité moyenne est de quinze à vingt-cinq mètres pendant la mousson du sud-est entre mai et septembre, s'améliorant encore pendant les accalmies inter-moussons en avril et octobre. Les frais de conservation introduits en 1994 et révisés en 2018 soutiennent les programmes de surveillance des récifs et les enquêtes sur la nidification des tortues imbriquées menées par l'Autorité des parcs et jardins des Seychelles.
Le snorkeling à Mahé se concentre sur les jardins coralliens peu profonds du parc, où les blocs de granit créent des amphithéâtres naturels abritant des poissons-perroquets, des poissons-papillons et des mérous juvéniles. La structure du récif diffère nettement des atolls indo-pacifiques : au lieu de formations de barrières continues, le littoral de Mahé offre des récifs de poche entrecoupés de plateaux granitiques qui descendent vers des chenaux de sable de douze mètres. La rive nord de l'île Moyenne présente la couverture de corail dur la plus dense, avec des coraux tabulaires Acropora et des coraux cerveaux colonisant le substrat granitique. Le platier récifal oriental de l'île au Cerf s'étend sur 200 mètres au large à marée basse, exposant des mares résiduelles peuplées d'anémones, d'ophiures et de poulpes juvéniles. Les excursions de snorkeling jettent généralement l'ancre sur deux ou trois sites au cours d'une excursion d'une demi-journée, avec des transferts en bateau à fond de verre permettant l'observation du récif pendant le trajet entre les îles.
La biodiversité du parc marin reflète la position biogéographique de l'ouest de l'océan Indien : le plateau des Seychelles s'est séparé du Gondwana il y a 65 millions d'années, créant une banque granitique isolée où des espèces endémiques ont évolué aux côtés de migrants indo-pacifiques. Les chercheurs ont catalogué 150 espèces de poissons dans les limites du parc, dont le poisson-clown endémique des Seychelles que l'on ne trouve que sur les récifs granitiques des Seychelles. Les tortues imbriquées nichent sur Moyenne et Cerf entre octobre et février, les juvéniles se nourrissant sur des rochers couverts d'éponges tout au long de l'année. Les herbiers marins du parc abritent des tortues vertes, qui broutent les prairies de Thalassia hemprichii à des profondeurs de deux à six mètres. Les excursions de snorkeling au départ de Mahé partent entre 08h00 et 10h00 pour éviter le vent de l'après-midi et l'affluence de midi, les opérateurs de catamarans et de bateaux à moteur étant agréés par l'autorité du parc pour maintenir une capacité d'accueil maximale sur les sites récifaux sensibles.
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